Wie wichtig er für seine Nachwelt auch weiterhin ist, zeigen unter anderem die Institutionen, welche noch heute seinen Namen tragen.
Das Robert-Koch-Institut, welches 1891 als Königlich Preußische Institut für Infektionskrankheiten gegründet wurde, ist eine von ihnen. Es war ab 1952 sogar dem Bundesgesundheitsamt beigeordnet, bis dieses 1994 geschlossen wurde. Seitdem ist es ein selbstständiges Bundesinstitut und übernahm verschiedene Bereiche aus dem Bundesgesundheitsamt, wie z.B. das AIDS-Zentrum. Neben Forschungsarbeiten leistet es noch Politikberatung, Berichterstattungen und Informationen für die Fachöffentlichkeit.
Eine weitere Institution mit dem Namen des Wissenschaftlers ist der Robert-Koch-Preis. Er wird jährlich von der Robert-Koch-Stiftung e.V. unter dem Schirmherrn Johannes Rau an Menschen verliehen, die wissenschaftliche Verdienste um die Bekämpfung von Infektionskrankheiten und Tumorerkrankungen geleistet haben. Sie hat es sich zum Ziel gesetzt, "den Kampf gegen Infektionskrankheiten und andere Volksseuchen zu unterstützen". Sie entstand 1907 mit dem Beisatz "Zur Bekämpfung der Tuberkolose". Nur durch einen erfolgreichen Spendenappell war die Arbeit Kochs und somit die Entdeckung des Bazillus so erfolgreich. Heute ist die Krankheit wieder zur Bedrohung geworden, da sich neue bieher unbekannte Erreger entwickelt haben. Deshalb werden weiterhin Spender gesucht, um neue Ansätze zu gewinnen und die Seuche durch eine breit angelegte Bekämpfung zu besiegen.
Nicht mit dem Robert-Koch-Preis gleichzusetzen ist der Robert-Koch-Award. Mit ihm werden innovative Medikamente ausgezeichnet, die sich in der Praxis bewährt haben. Der Award wird von einer unabhängigen Jury vergeben und wurde 1998 von dem medizinischen Fachverlag Urban & Vogel in Gedenken an Robert Koch als Gründer der Zeitschrift "Fortschritte der Medicin" gestiftet.
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